Jurusan/Program Studi S1 Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir Fakultas Ushuluddin Adab dan Dakwah IAIT Pekalongan berdiri sejak tahun 2008 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/306/2008 tanggal 04-09- 2008. Prodi ini mulai menerima mahasiswa baru pada tahun 2009. Pada tahun 2012, Prodi IAT (awalnya Prodi Tafsir Hadis) ini telah terakreditasi untuk pertama kalinya berdasar keputusan BAN PT No. 014/BAN-PT/Ak-XV/S1/2012  tertanggal 15 Juni 2012. Satu tahun berikutnya (2013) Prodi ini meluluskan alumni pertamanya.

Namun, Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderan Pendidikan Islam Nomor 3389 Tahun 2013 tentang Penamaan Perguruan Tinggi Agama Islam, Fakultas dan Jurusan pada Perguruan Tinggi Agama Islam Tahun 2013; Keputusan Direktur Jenderal Nomor Dj.I/441/2010 tentang Pedoman Pendirian Perguruan Tinggi Agama Islam; Peraturan Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 1429 Tahun 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam, pada tahun 2013 Prodi Tafsir Hadis (lama) berubah menjadi Prodi (Baru): Ilmu Al-Quran dan Tafsir (IAT) dan Ilmu Hadis (ILHA). Seiring dengan perubahan nomenklatur tersebut, perubahan kurikulum secara bersamaan juga telah disesuaikan.

Lulusan Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir diharapkan memiliki keahlian dasar-dasar Islam serta profesional di bidang studi Al-Qur'an dan Tafsir. Mahasiswa Jurusan/Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir dipersiapkan menjadi penafsir pemula, peneliti pemula di bidang Al-Qur'an dan Tafsir, praktisi sosial keagamaan khususnya di bidang Al-Qur'an dan penafsiran Al-Qur'an. Selain itu, alumni Jurusan/Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir juga berpeluang menjadi konsultasn atau penyuluh agama dan pegawai kantor Kementerian Agama pusat, wilayah, kabupaten maupun kota. Lulusan Jurusan/Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir juga dapat menjadi pengajar di Pesantren. Selama ini pondok pesantren masih lebih banyak mengajarkan pemikiran-pemikiran Islam Salaf, dengan masuknya lulusan Jurusan/Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir sebagai tenaga pengajar di pondok pesantren, alumni pondok pesantren diharapkan akan lebih mampu menjawab persoalan-persoalan kontemporer yang berkembang di masyarakat dengan basis Al-Qur'an dan penafsirannya. Lulusan Jurusan/Program Studi Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir juga memiliki peluang untuk menjadi guru sesuai dengan Peraturan Pemerintah No. 74 Tahun 2008 tentang Guru.